Bruckner kuoli sydänhalvaukseen 11. lokakuuta 1896 kotonaan Wienissä. Hänen yhdeksäs, keskeneräiseksi jäänyt sinfoniansa esitettiin samassa kaupungissa 11. helmikuuta 1903. Bruckner ei koskaan mennyt naimisiin, mutta hän ehdotti naimakauppoja monille tytöille. Brucknerin sanottiin olleen kiinnostunut ruumiinsa käsittelystä, ja hän jätti tarkat ohjeet siitä, miten hänen ruumiinsa tulisi balsamoida.